Het vooraanstaande wetenschappelijk tijdschrift Science heeft vorige week aan de auteurs van de originele XMRV/ME/CVS-studie gevraagd om deze vrijwillig terug te trekken. Het betreft de studie ‘Detection of an infectious retrovirus, XMRV, in blood cells of patients with chronic fatigue syndrome.’ van Lombardi et al, dat in oktober 2009 werd gepubliceerd. Science publiceerde een Editorial Expression of Concern, naar aanleiding van twee nieuw verschenen publicaties die de bevindingen van de oorspronkelijke paper zouden moeten tegenspreken.

Hieronder geven wij een vertaling van de argumenten die aangeven waarom de Lombardi et al. studie (2009) nog steeds accuraat is, van verschillende betrokkenen uit het Whittemore Peterson Institute:

• De brief van Judy Mikovits aan de redacteur van Science met inhoudelijke onderbouwing en tegenargumenten tegen de “contaminatietheorie”.
  
• De brief van Annette Whittemore (oprichter WPI) aan de redacteur van Science.
• De brief van de wetenschappelijke adviseurs (Dr. Jamie Deckoff-Jones, Dr. Michael Snyderman & Dr. Joseph Brewer) aan de redacteur van Science.
• Een vergelijkende replicatie-analyse van het WPI, waaruit blijkt dat er geen enkele studie een replicatie van de originele Lombardi-studie was.
  

31 mei 2011 – Persbericht Whittemore Peterson Institute

“We zijn enorm teleurgesteld dat de redacteur van Science een “editorial expression of concern” gepubliceerd heeft met betrekking tot de Lombardi et al. studie.

De auteurs van de Lombardi studie zijn van mening dat het voorbarig is om te besluiten dat de negatieve studies accuraat zijn of de conclusies veranderen van de originele studies en we scharen ons hier allen achter,” zei Annette Whittemore, oprichter van het Whittemore Peterson Institute.

“Er moet nog veel werk op dit nieuwe retrovirus uitgevoerd worden en we kijken uit naar nieuwe studies die de resultaten en bevindingen ondersteunen die beschreven zijn door deze talentvolle wetenschappers.

Tot op vandaag is er nog geen poging geweest om deze studie volledig te repliceren. Al deze negatieve studies hebben gefaald om de methoden, materialen of processtudies te gebruiken van de originele studie en veel studies werden slecht opgezet.

De WPI onderzoekers zullen het nodige onderzoek verder zetten die nodig is om de patiënten te helpen die lijden aan een neuro-immuunziekte.”

Bovendien zal het WPI andere wetenschappelijke onderzoekers blijven de materialen en methoden aanbieden die nodig zijn om een volledige en accurate replicatiestudie in de toekomst uit te voeren.

---

De brief van Judy Mikovits aan de redacteur van Science

Dr. Bruce Alberts

Editor-in-Chief

Ms. Monica Bradford

Executive Editor Science

1200 New York Avenue, NW

Washington, DC 20005 

Re: Lombardi et al.

 

Geachte Dr. Alberts en Mevr. Bradford,

Als verantwoordelijk auteur van de Lombardi et al. studie wil ik mijn diepste bezorgdheid uiten over de voorgestelde uitgave van uw “editorial expression of concern” met betrekking tot onze XMRV bevindingen en zijn verband met chronisch vermoeidheidssyndroom. Dit is vooral zo in het licht van het extreme disrespect voor de integriteit van het wetenschappelijk proces door de schijnbaar opzettelijke schending van uw embargo door een van de auteurs of hun medewerkers. Dit heeft geresulteerd in de blijkbaar publieke kennis van de inhoud van uw verzoek om onze paper terug te trekken. Ik wil u respectvol vragen dat u zich richt op de volgende belangrijke feiten en uw mening te herzien. We delen uw diepe bezorgdheid over het aantal negatieve niet-replicatie studies in dit nieuw onderzoeksveld. De publicatie van uw editorial expression of concern over de validiteit van de Lombardi et al. bevindingen zijn voorbarig en zou een rampzalige impact hebben op de toekomst van dit wetenschapsdomein. Ga a.u.b. niet verder op een pad dat schadelijk zou kunnen zijn voor de wetenschappelijke exploratie van menselijke retrovirussen in infectueuze ziekten, kanker, en dus de toekomstige gezondheid van miljoenen mensen over de hele wereld.

Ten eerste is de titel en de inhoud van de Lombardi et al. studie ‘Detection of an infectious retrovirus, XMRV, in blood cells of patients with Chronic Fatigue Syndrome’ accuraat, en niet één gerapporteerde studie is in staat geweest om aan te tonen waarom dit niet zo zou zijn. Door gebruik te maken van vier verschillende methodes waaronder

• PCR (van gecultuurde of co-gecultuurde cellen),
• detectie van menselijke gammaretrovirussen (HGRV) virale eiwitten (cultuur en co-cultuur gedetecteerd door Western Blot en flow cytometry),
• anti-gammaretrovirus Env antilichamen in menselijk serum
• en virus isolatie van primaire cellen en co-culturen

hebben wij bewijs gerapporteerd van menselijke gammaretrovirus infectie in ten minste 67 van 101 CVS-patiënten. Bovendien hebben wij gemeld dat 3.7% van de controlepopulatie geïnfecteerd was.

Ten tweede werd deze belangrijke studie uitgevoerd over acht maanden en uitgevoerd in vijf verschillende laboratoria. Dit heeft geresulteerd in de eerste isolatie van een menselijk gammaretrovirus uit het bloed van mensen en concludeerde dat dit virus kan bijdragen in de pathogenese van CVS. Elektronenmicroscopie van gammaretrovirussen die geïsoleerd werden uit de patiëntencellen werden getoond in de Lombardi et al. studie en ondersteunden deze conclusies. Deze elektronen microscopieën tonen geen VP62 plasma contaminatie. […] Bovendien wijzen gegevens die gepresenteerd werden in Lombardi et al. op bijkomende stammen van gammaretrovirussen en virale Gag eiwitten konden rechtstreeks immuno-geprecipiteerd worden uit het bloed van patiënten die de bevinding ondersteunt dat bijkomende stammen van HGRV geïsoleerd konden worden. In feite ondersteunt het werk van Jones et al. dat gepresenteerd werd op Cold Spring Harbors, de aanwezigheid van meer dan een stam van HGRV. […] Dit leidt tot de mogelijkheid dat veel virussen afkomstig zijn van recombinaties. […] Dit doet de vraag rijzen hoeveel gammaretrovirussen er rond circuleren in de menselijke populatie met de mogelijkheid bij te dragen aan ziekten bij de mens.

Ten derde toonde deze studie aan dat menselijke gammaretrovirussen overdraagbaar zijn en een meer recente studie heeft deze gegevens bevestigd in een dierlijk model en heeft aangetoond dat er verschillende routes van ingang zijn en een verschil in bloedreservoirs tussen acute en chronische infectie.

Ten vierde heeft deze studie volgende testen uitgevoerd om zich ervan te verzekeren dat de gerapporteerde data niet het resultaat waren van contaminatie, met inbegrip van de detectie van menselijke antilichamen respons op het virus, de screening van alle reagentia en cellijnen voor enig bewijs van gammaretrovirussen contaminatie, menselijk of anders. De antilichamen gebruikt om de virale eiwitten van Lombardi et al. op te sporen waren ratten monoclonale en geiten polyclonale antisera, die allemaal negatief waren voor muizencontaminatie; alle reagentia die gebruikt werden in PCR en weefselcultuur werden veel getest voor contaminatie. Bovendien werd dit duidelijk gesteld in de Supplemental Methods […]. Geen van de negatieve papers, die contaminatie heeft aangetoond, heeft de enzymen of antistoffen reagentia gebruikt die gebruikt en aanbevolen werden door Lombardi et al.

Alle stalen en controles werden verwerkt op exact dezelfde manier en in een clean lab geplaatst vrij van elke andere cellijn. Slechts vijf menselijke cellijnen werden gekweekt in de WPI laboratoria gedurende de tijd dat deze studies werden uitgevoerd […] en van allemaal werd aangetoond bij de aanvang en tijdens deze studies dat ze vrij zijn van XMRV/VP62 en allemaal werden ze gebruikt als negatieve controles die wekelijks getest werden door elke methode […].

Er werd geen muizen cellijn gekweekt in de WPI labo’s voorafgaand aan de inzending van het Lombardi et al. manuscript. De muizen BAF cellijn was gekweekt en gebruikt ná de NCI besloten meeting over XMRV op 22 juli 2009 waarbij alle gegevens van Lombardi et al. werden getoond niet alleen aan de reviewers van het originele manuscript maar ook aan John Coffin die de begeleidende commentaar schreef. We werden toen gevraagd om de muizen mitochondriale analyse uit te voeren om aan te tonen dat er geen sprake was van muizencontaminatie. We hebben deze test uitgevoerd op alle stalen van de 101 patiënten in Lombardi et al. en hebben deze gegevens gepubliceerd in een Virulence addenda, waarvan een kopie in bijlage.

Terwijl we door u geadviseerd werden dat Paprotka et al. een recombinant oorsprong van XMRV suggereert, zegt dit niets over de menselijke gammaretrovirussen die gedetecteerd en geïsoleerd werden uit patiëntenstalen in Lombardi et al. Zij kunnen geen data hebben om de conclusie te ondersteunen “dat laboratorium contaminatie met XMRV geproduceerd door een cellijn (22Rv1) afkomstig van deze vroege xenograft experimenten de meest waarschijnlijke verklaring is voor detectie van het virus in patiëntenstalen.” Sterker nog, de auteurs van deze paper weten heel goed dat deze verklaring niet de XMRV integratie in menselijk weefsel kan verklaren, in situ hybridisatie, of antilichamen die gerapporteerd werden in prostaatkanker of CVS-patiënten.

Verder werden niet alle stammen van wilde knaagdieren onderzocht en andere voorbeelden van voorouderlijke XMRV kunnen gevonden worden. Noch 22Rv1 noch andere van de cellijnen waarvan gemeld werd dat deze gecontamineerd zijn met XMRV of cellijnen die het VP62 infectueuze moleculair gekloond virus kweken, waren aanwezig in de laboratoria waar de patiëntencellen werden geïsoleerd. Dit kan ook op geen enkele wijze de Env antilichamen verklaren die aangetoond werden in patiëntenplasma in Lombardi et al.

[…] Dit suggereert opnieuw dat we, in feite meer dan één stam van menselijke gammaretrovirussen in deze patiëntenstalen hebben gedetecteerd. Het is duidelijk dat data die gepresenteerd werden in Lombardi et al. waar stalen PCR negatief waren maar Western blot positief […] verder de notie steunen van een familie van gammaretrovirussen. Deze data moeten bevat worden als een compleet geheel van bewijs en niet in de context van afzonderlijke stukjes […].

Al deze data hebben ertoe geleid dat Harvey Alter op de NIH State of the Knowledge Workshop in april 2011 de conclusie heeft getrokken dat er geen bewijs van contaminatie bestaat ‘noch in de Mikovits noch in de Lo labo’s’.

De auteurs waren zich bewust van tien negatieve CVS papers die opgenomen zijn in PubMed over het onderwerp XMRV. De meeste van de negatieve studies slaagden er niet in om ook maar enig bewijs van XMRV te vinden in gelijk welke staal. Dit zou suggereren dat de gebruikte materialen en methoden in de niet-replicatie studies niet voldoen om te pogen menselijke gammaretrovirussen te detecteren in het bloed van menselijke stalen. De methoden, processen, en materialen van Lombardi et al. dienen precies gevolgd te worden. De Alter en Lo studie is de enige studie die geprobeerd heeft een gedeeltelijke replicatie van de methoden en materialen van de Lombardi studie uit te voeren, die bewijs van MLV gerelateerde virussen bevestigd heeft.  Studies die meerdere verschillende methoden gebruikt hebben, zijn geen replicatie studies, en studies die geoptimaliseerd zijn om muizen gammaretrovirussen op te sporen en geen menselijke gammaretrovirussen moeten serieus in vraag gesteld worden. Zie de Virulence bijlage.

Wetenschappelijk onderzoek van menselijke gammaretrovirussen staat in zijn kinderschoenen. Studies van XMRV en makaken beginnen informatie te onthullen over de levenscyclus van het virus, meerdere weefselreservoirs, en een beschrijving van factoren die leiden tot virale activatie. Deze studies zijn van cruciaal belang om gammaretrovirussen in menselijke ziekten te begrijpen. Andere menselijke studies zoals deze door Fischer et al. rapporteerde de detectie van XMRV in de luchtwegen van immuungecompromitteerde personen wat op de mogelijkheid wijst dat gammaretrovirussen gemakkelijker kunnen overgedragen worden dan alle andere bekende retrovirussen. WPI onderzoekers dragen bij tot de ontwikkeling van meer accurate klinische testmethodes samen met anderen in de bloedwerkgroep. Zonder de deelname van Drs. Alter, Lo en het WPI die bewezen gammaretrovirale detectiemethodes hebben, kan het onmogelijk worden om te ontdekken of gammaretrovirussen al dan niet een bedreiging zijn voor menselijke transfusie en transplantatie geneeskunde.

Samengevat, staan menselijke retrovirussen er niet om bekend om personen te infecteren op basis van hun geslacht of leeftijd, daarom kan er geen excuus zijn waarom het aanvaardbaar zou zijn om de virussen te bestuderen in kanker maar niet in deze met infectueuze neuro-immuunziekten. Ze creëren levenslange infectie in hun gastheren door de integratie in het genoom van hun slachtoffers. Dertig jaar van muizen gammaretroviraal onderzoek levert overtuigend bewijs dat deze virussen immuundeficiënties, neurologische ziekten en kanker in zoogdieren kunnen veroorzaken, en zij daarom mogelijk bijdragen aan menselijke neuro-immuunziekten zoals CVS. Goed wetenschappelijk werk is echter moeilijk en vergt tijd. Deze lopende studies verdienen om een faire en onpartijdige evaluatie te krijgen in het peer-review proces.

De kritische vraag die blijft is niet alleen of gammaretrovirussen een rol spelen in CVS of kanker maar in hoeveel andere menselijke ziekten? Daarom zijn wij van mening dat dit een extreem voorbarige actie is die niet in het beste belang is van de wetenschappelijke gemeenschap of de menselijke gezondheid en nogmaals verzoeken wij u respectvol dat u het wetenschappelijk proces toelaat zijn beloop te gaan ongehinderd door vooroordelen of partijdigheid.

 

Dank u voor uw aandacht in deze zaak.

 

Met vriendelijke groet,

Dr. Judy A Mikovits

Onderzoeksdirecteur

Whittemore Peterson Institute

---

De brief van Annette Whittemore aan de redacteur van Science

27 mei 2011

 

Dr. Bruce Alberts

Editor-in-Chief

Ms. Monica Bradford

Executive Editor

Science

1200 New York Avenue

Washington, DC 20005

Re: Lombardi et al.

 

Geachte Dr. Alberts en Mevr. Bradford

 

Als voorzitter en stichter van het Whittemore Peterson Institute for Neuro-Immune Disease (verder in deze brief afgekort als het “WPI”) kreeg ik een kopie van de nota die door u gisteren gezonden werd aan Dr. Judy Mikovits.

Ik weet dat de uitgave van een Editorial Expression of Concern (“EEC”) een ernstige zaak is en geen stap die zomaar licht genomen werd door u of uw organisatie. Ik hoop dat deze brief u zal aanmoedigen om de uitgave van de EEC terug te trekken op basis van bijgevoegde informatie. Daarnaast hoop ik dat u zich realiseert dat de publicatie van dergelijk bericht een grote wetenschappelijke impact kan hebben en mogelijk financiële gevolgen voor de toekomstige viabiliteit van het WPI en zijn missie/onderzoek.

Uw conclusies ten aanzien van waarom u dit EEC uitgeeft zijn gebaseerd op “minstens 10 studies die uitgevoerd zijn door andere onderzoekers en elders gepubliceerd [die] gerapporteerd hebben er niet in te slagen om XMRV te detecteren in onafhankelijke populaties van CVS-patiënten.” Niet een van de 10 gerefereerde studies die de resultaten van ons onderzoek betwist, kan ethisch beweren dat het een replicatiestudie is die gebruik maakt van de methoden, processen of materialen van Lombardi et al. De enige claim dat een van de eerder gepubliceerde studies deels een replicatie is van de Lombardi studie is beperkt tot de Lo, Alter studie. De negatieve studies zijn PCR centrisch en vertonen vele gebreken. Voor uw gebruik heb ik een heel eenvoudig overzicht bijgevoegd die de methoden bespreekt die gebruikt zijn in de verschillende studies als een hulpmiddel om deze studies te vergelijken met de Lombardi studie. Ik wil u verzekeren dat er geen data zijn die suggereren dat onze onderzoeksresultaten ongeldig zijn.

We hebben niet de kans gehad om de Paprotka et al. studie onder embargo te reviewen, maar de theorie dat de oorsprong van XMRV van de 22Rv1 cellijn is, is niet relevant voor de Lombardi studie. Daarnaast zou elke bewering van contaminatie in de Lombardi studie de overtuigende andere relevante data moeten verklaren zoals:

1. Hoe zijn slechts 3.7% van de gezonde controles ‘gecontamineerd’ in Lombardi of
2. Hoe zijn de positieve CVS patiëntenstalen in Lombardi gecontamineerd met de 22Rv1 cellijn als de 22Rv1 cellijn nooit aanwezig is geweest in de WPI labo’s, en in feite was de Lombardi studie ingestuurd naar Science vijf maanden vooraleer de 22Rv1 cellijn gepubliceerd werd voor XMRV-expressie, of
3. Hoe patiënten antilichamen hebben tegen meerdere XMRV (humane gammaretrovirussen) eiwitten.

De WPI onderzoekers gebruikten geen laboratoria reagentia die “op grote schaal besmet zijn met het virus” en hebben absoluut contaminatie uitgesloten. Om een geschikte basis te zijn om de co-auteurs te vragen om vrijwillig hun paper terug te trekken, zou iemand aangetoond moeten hebben dat het werk van de co-auteurs het resultaat van contaminatie was, wat niet bewezen is, hoewel anderen contaminatie ontdekt hebben in hun eigen onderzoek.

Met betrekking tot de tweede studie door u gerefereerd, geschreven door K. Knox et al., ben ik verplicht om te melden dat de eerste auteur, Dr. Konstance Knox, niet onbevooroordeeld is, onpartijdig, of onafhankelijk met betrekking tot het WPI. Zij en haar laboratoria, Wisconsin Viral Research Group, waren voormalige aannemers en zijn vertrokken onder moeilijke omstandigheden. Haar gedrag was het onderwerp van interne herziening van ernstige feiten in verband met ethische overtredingen, misbruik van vertrouwelijke informatie; oneigenlijk gebruik, bewaren en vernielen van patiëntenstalen en data, en onenigheid over de eigendom van intellectuele bezittingen.

Bovendien hebben de inhoud van de gerapporteerde resultaten van Knox et al. de mogelijkheid inaccuraat te zijn omdat deze auteurs geen weet mogen hebben van de identiteit van patiënten of specifieke XMRV resultaten van de Lombardi studie. Dr. Mikovits was verantwoordelijk voor het behoud van de menselijke verzekering van de Lombardi studie en heeft niet de identiteit van de patiënten of hun resultaten gedeeld met Dr. Peterson ondanks zijn herhaalde pogingen om deze privé informatie te verkrijgen. Aan de andere kant, als de auteurs geen zo’n verband beweren met de Lombardi studie, dan is de studie gewoon een andere negatieve, niet-replicatie studie. Dr. Knox en haar co-auteurs hebben nooit gevraagd noch hadden ze onafhankelijk toegang tot de materialen die nodig zijn om een replicatie studie te doen. 

In het licht van deze feiten, verzoeken wij dat Science

1. Afziet van de publicatie van de Knox studie en de EEC en
2. ons de gelegenheid biedt om u bijkomende data te voorzien die onze conclusies ondersteunen.

 

Met vriendelijke groet,

 

Annette Whittemore

Voorzitter

---

De brief van de wetenschappelijke adviseurs (Dr. Jamie Deckoff-Jones, Dr. Michael Snyderman & Dr. Joseph Brewer) aan de redacteur van Science

30 mei 2011

Dr. Bruce Alberts

Editor-in-Chief

Ms. Monica Bradford

Executive Editor

Science

1200 New York Avenue, NW

Washington, DC 20005

 

Geachte Dr. Alberts en Mevr. Bredford,

 

Als klinisch adviescomité voor het Whittemore Peterson Institute, verzoeken wij u zich te onthouden van het publiceren van uw Editorial Expression of Concern.

De EEC zoals geschreven is bedroevend oppervlakkig evenals de echte vragen. XMRV werd gevonden in menselijk prostaatkanker weefsel, in een hoger aantal dan in gezonde controles. Het is logisch te concluderen dat het in ME/CVS-patiënten voorkomt in op zijn minst hetzelfde aantal als de gemiddelde bevolking, en elke techniek die het niet terugvindt in de controlepopulatie is inadequaat en daarom irrelevant.

Wat de 22Rv1 cellijn betreft, lijkt het ons verre van bewezen dat XMRV een contaminant is, de wetenschappelijke gemeenschap moet bezorgd zijn dat 22Rv1 een exogeen retrovirus produceert dat menselijke cellen infecteert, waaraan veel wetenschappers en laboranten blootgesteld werden meer dan 20 jaar. Dong et al; PLoS ONE. 2008; 3(9): e3144 toonde aan in “A Natural Human Retrovirus Efficiently Complements Vectors Based on Murine Leukemia Virus”, dat “XMRV kan fungeren als een helpervirus voor MLV-gebaseerde vectoren” gebruikt in genentherapie. Dit zou van groot belang moeten zijn tot de wetenschappelijke gemeenschap. Uit deze paper:

Een andere bezorgdheid rijst uit de mogelijkheid om XMRV tegen te komen in de culturen van menselijke cellen, waar het virus kan verschijnen als het resultaat van viremia van die originele donor of als gevolg van laboratorium contaminatie tijdens het opzetten of verder verspreiden van de cellijnen. Een verzameling van MLV-gebaseerde constructen geïntroduceerd in zo’n cellen zullen waarschijnlijk evolueren over de tijd en mogelijks verspreiden naar andere cellen, in het bijzonder in co-cultuur experimenten. Bovendien kan in sommige gevallen een levend verzwakt vaccin gecontamineerd worden met XMRV.

Niets van wat gepubliceerd werd heeft de data weerlegd van de Lombardi et al studie. Eerder dan de validiteit van de originele paper in vraag te stellen, zou het gepaster zijn om een verklaring te geven dat Science erkent dat er detectieproblemen zijn en dat er veel mogelijke antwoorden zijn voor de discrepanties. Gezien de mogelijke gevolgen van verkeerd te zijn, moet de wetenschappelijke gemeenschap vooruit gaan en dit mysterie oplossen, niet stoppen met zoeken. Het is zeker voorbarig om een EEC uit te geven voorafgaand aan de publicatie van de bevindingen van Dr. Lipkin.

Het is heel duidelijk voor ons als artsen dat ME/CVS van retrovirale etiologie is. Specifiek is de menselijke gammaretrovirus infectie het beste model van de ziekte dat we ooit gehad hebben om mee te werken, tijdens de zorg voor de wanhopig zieke patiënten die al tientallen jaren in de steek gelaten worden door de wetenschappelijke en medische gemeenschappen. Klinisch treedt er verandering op (wordt er wat bewogen) in de ziekte door antiretrovirale therapie met HIV geneesmiddelen, in vitro aangetoond efficiënt te zijn tegen XMRV. We willen binnenkort case studies insturen voor publicatie en gaan door met een IRB (Institutional Review Board) voor een open label pilootstudie om te kijken naar de effecten, veiligheid en verdraagbaarheid van tenofovir (Viread ®) voor ME/CVS-patiënten.

Er zijn meer dan één miljoen ME/CVS-patiënten in de Verenigde Staten alleen, 17 miljoen mensen wereldwijd. Uit een recent gepubliceerde studie blijkt dat het aantal ASD (autisme spectrum stoornis) in South Korean schoolkinderen 1 op 38 kinderen bedraagt. We zijn bezig aan te tonen dat er een duidelijk verband bestaat tussen deze twee ziekten in onze patiëntengroep. Het is een infectueuze ziekte.

De wereld kan het zich niet veroorloven dat er nog een andere geïnfecteerde generatie komt. Dit is niet zomaar een ander EEC. Uw bezorgdheid als redacteurs moet er zijn voor de patiënten, of in dit geval, de gezondheid van de mensheid. Word niet het tijdschrift dat verantwoordelijk is voor het afsluiten van broodnodig onderzoek.

 

Met vriendelijke groet,

 

Jamie Deckoff-Jones, MD

Klinisch directeur

Joseph Brewer, MD

Directeur Infectieziekten

Michael Snyderman, MD

Directeur Hematologie-Oncologie

 

Citaten Dr. Jamie Deckoff-Jones uit haar persoonlijke blog 

De Singh paper en de Knox paper hebben dezelfde logische drogreden. Het kan niet zowel een contaminant zijn als niet aanwezig zijn op hetzelfde moment. Welke van de twee is het nu? De totaliteit van het bewijsmateriaal zegt geen van beide.

Waarom wil iemand dat XMRV verdwijnt, als er zoveel rook is? Het geld dat hiermee gemoeid is, is enorm.

---

Een vergelijkende replicatie-analyse van het WPI

Vergelijking van methoden voor de detectie en associatie van XMRV in Chronisch Vermoeidheidssyndroom
	Lombardi, Mikovits et al.	Lo, Alter et al.	Satterfield Switzer et al.1	Shin, Singh et al.2	Erlwein, McClure et al.	Knox, Levy et al.3
Selectie patiënten en controles
Voldoen aan CDC/CCC criteria	Ja/Ja	Ja/NG	Ja/NG	Ja/Ja	Ja/NR	Ja/NR
Exclusie van contact controles	Ja	Ja	NG	Nee	NU	Ja4
Arts bevestigde CVS diagnose	Ja	Ja	26/315	Ja	Ja	Ja
Zelfselectie in studie	Nee	Nee	Ja	Nee	Nee	Nee
Aantal patiënten/controles	101/218	37/44	45/52	100/200	186/0	61/76
Patiënten vertonen NK celdisfunctie	Ja	NG	NG	NG	NG	NG
Patiënten vertonen verhoogde inflammatoire cytokines	Ja	NG	NG	NG	NG	NG
Verwerken van stalen
Isolatie van PBMC	Ja/Ficoll	Ja/Ficoll	Nee	Nee	Nee	Ja/Ficoll
Geëvalueerd op meerdere tijdstippen	Ja	Ja	Nee	Nee	Nee	Ja
Gebruik van lab waar muizenwerk uitgevoerd werd	Nee	Nee	NG	NG	NG	NG
Gebruik van ACK lysis buffer met EDTA (heeft impact op virus replicatie)	Nee	Nee	NG	Ja	NG	NG
Kweken van stalen (cultuur)
Cultuur van primaire cellen	Ja	NU	NU	NU	NU	Ja7
Natrium heparine bloedtubes gebruikt voor cultuur	Ja	NU	NU	Nee	NU	NG
Isolatie van virus	Ja	NU	NU	NU	NU	NU
Serologie zoals beschreven in Lombardi et al. BAF cell. Competed with mAb	Ja	NU	Nee	Nee	NU	Nee8
Western Blot van gekweekte primaire cellen	Ja	NU	NU	Nee	NU	Nee
Western Blot van co-cultuur cellen	Ja	NU	NU	Ja9	NU	Nee
PCR op co-cultuur cellen	Ja	NU	NU	Nee	NU	Nee10
PCR detectie
Gag primers zoals beschreven in Lombardi et al. Single round	Ja	Ja	Nee11	NU	Nee	Nee12
Env primers zoals beschreven in Lombardi et al. Single round	Ja	Nee13	NU	NU	NU	Nee
Geneste PCR voor gag mbv primers zoals beschreven in Lombardi et al.	Ja	Ja	Nee	Nee	Nee	Nee
Amplificatiemethodes zoals beschreven in Lombardi et al.	Ja	Ja14	Nee	Nee	Nee	Nee
Positieve controle gebruikt	Split samples	Spiked samples	VP62 plasmid	XMRV plasmid	VP62 plasmid	22vR1 fragment
Contaminatie controle*	Ja	Ja	Ja	Nee	Nee	Nee
PCR van geïsoleerde lymfocyten	Ja	Ja	Ja	Ja	Nee	Ja
Gebruik van Taq dat gerapporteerd was vrij te zijn van contaminatie (USB)	Ja	Nee	Nee	Nee	Nee	Ja

NG = niet gerapporteerd

NU = niet uitgevoerd

*Contaminatie controle voor Lombardi et al. bestond uit

• Sequencing
• Fylogenetische analyse
• PCR analyse voor muizen mitochondriaal DNA (kwantitatief)
• Reagentia screening op MLV contaminatie 

Lo et al. was soortgelijk met Lombardi et al. en heeft geneste muizen PCR toegevoegd (na publicatie mbv IAP PCR).

Shin et al. gebruikte IAP PCR voor muizen sequenties.

De WPI laboratoria hebben nooit de cellijn 22Rv1 gebruikt.

© Vertalingen ME-gids.net 

---

Alberts B., 2011. Editorial Expression of Concern. Science Published Online 31 May 2011 [DOI:10.1126/science.1208542]

[Abstract] [Full Text (PDF)]

Paprotka T, Delviks-Frankenberry KA, Cingöz O, Martinez A, Kung H-J, Tepper CG, Hu WS, Fivash MJ, Coffin JM & Pathak VK, 2011. Recombinant Origin of the Retrovirus XMRV. Science Published Online 31 May 2011 [DOI:10.1126/science.1205292]

[Abstract] [Full Text (PDF)] [Supporting Online Material]

Knox K, Carrigan D, Simmons G, Teque F, Zhou Y, Hackett J, Qiu X, Luk K, Schochetman G, Knox A, Kogelnik AM & Levy JA, 2011. No Evidence of Murine-Like Gammaretroviruses in CFS Patients Previously Identified as XMRV-Infected. Science Published Online 31 May 2011  [DOI:10.1126/science.1204963]

[Abstract] [Full Text (PDF)] [Supporting Online Material]

---

Ook u kunt uw stem laten horen door de open brief te ondertekenen die patiënten opgesteld hebben voor de redactie van Science:

www.change.org/petitions/an-open-letter-to-the-editors-of-science-2